Главным объектом поклонения верующих в древнерусских храмах была икона. После завершения построения храма и его освящения в интерьере церкви прежде всего появлялись иконы.

    Самое древнее произведение иконописи Костромы - "Богоматерь Федоровская" почитается издавна как полладиум города. По легенде, эта икона была принесена в XIII веке в Кострому самим "святым воином" Федором Стратилатом и найдена на дереве в лесу костромским князем Василием Ярославичем, поехавшим на охоту.

    Икона "Богоматерь Федоровская" была написана, вероятно, около 1239 года по распоряжению отца Василия Ярославича - великого владимирского князя Ярослава Всеволодовича. В 1239 году Ярослав Всеволодович, став великим князем владимирским после смерти своего брата Юрия, приехал на великое княжение в великий Владимир, разоренный татарами Батыя. Во время разгрома Владимира татары не пощадили и великокняжескую святыню - знаменитую византийскую икону "Богоматерь Владимирская" XII века, хранящуюся ныне в Государственной Третьяковской галерее. Они, по словам летописца, "...святую Богородицу разграбиша, чудную икону одраша, украшену золотом и серебром и каменеем драгым". Сдирая драгоценный оклад, татары сильно испортили древнюю живопись прославленного памятника. Одним из первых актов великокняжеской деятельности Ярослава Всеволодовича стала реставрация этой иконы. Но, очевидно, восстановить утраченную живопись иконы совсем близко к подлинной живописи греческого мастера было трудно. Поэтому Ярослав Всеволодович заказал для себя мастеру-иконописцу копию с "чудотворной Владимирской". Копия получила название "Федоровской" по крещеному имени Ярослава Всеволодовича, родившегося в день Федора Стратилата. Вероятно, по желанию Ярослава Всеволодовича, долго княжившего в Новгороде, на обороте новой иконы было написано изображение любимой новгородцами Параскевы Пятницы. Любопытно, что узор на плаще Параскевы по рисунку близок орнаменту на оправе знаменитого шлема Ярослава Всеволодовича, хранящегося в оружейной палате Московского Кремля.

    Икона Ярослава Всеволодовича, по-видимому, была привезена в Кострому Василием Ярославичем после его возведения на великое владимирское княжение. Принесением иконы Василий Ярославич словно бы утверждал значение своей удельной Костромы как столицы Владимирского княжества. Имеется известие древних источников о том, что в 1272 году Василий Ярославич брал икону "Федоровской" на битву с татарами, подобно Андрею Боголюбскому, выносившему перед войском на поле боя икону "Владимирской", копией с которой, как говорилось выше, была "Федоровская".

    С "Федоровской" приходила депутация бояр упрашивать Михаила Романова принять царский венец, ею нового царя благославляли на царство. По велению Михаила Романова, в 1636 году была проведена реставрация "Федоровской", царь заказал богатый оклад на икону, жертвовал к иконе ежегодно большие суммы денег. В XVII веке почитали "Федоровскую" во всех городах России. Появились многочисленные копии - списки с прославленной костромской иконы XIII века, им стали посвящать новые храмы, стены интерьеров которых расписывали изображениями сцен из истории древней иконы. Широкое распространение со второй половины XVII века получили иконы "Федоровской" с клеймами, в которых иллюстрировались события из истории образа. В 1670 году, по заказу иеродиакона Ипатьевского монастыря Логина, было написано "Слово о чудесах Федоровской".

    В 1919 году икону Богоматери Федоровской как одно из древнейших произведений древнерусской иконописи привезли в Москву на реставрацию. Живопись ее раскрыли от многих слоев поздних записей. Сохранность красочного слоя XIII века оказалась очень плохой: на древней доске уцелели лишь незначительные фрагменты авторской живописи и рисунка фигур. Но и по этим остаткам можно судить о былом великолепии памятника. На лицевой стороне иконы находилось изображение Богоматери с младенцем. Мария была одета в темно-коричневый мафорий, украшенный золотой каймой с красными рубинами и двумя запонами в виде крупных ромбов, унизанных по краям жемчужными прядами. Головы Марии и младенца окружали белые нимбы, силуэты фигур четко выделялись на серебряном фоне.

    В конце XII - начале XIV столетия прекрасные памятники древнерусской живописи хранились не только в храмах Кострмы, но и церквях ее посадов. Подтверждением этому служит замечательная икона Николы с дватцатью клеймами "жития" начала XIV века из старинного костромского посада Большие Соли. Это одна из древнейших русских житийных икон Николы. По иконографии она восходит к знаменитой "чудотворной" иконе Николы из города Харайска начала XIII века, почитавшейся на Руси защитницей от нашествия врагов.

    В XIV веке при московском князе Иване Даниловиче Калите Кострома стала городм Московского княжества. С этого времени храмы Костромы стали урашаться иконами московских мастеров или работами иконописев, следовавших традициям столичной школы живописи. В первой половине XV века в Кострому и заволжские города Галич и Чухлому привозили так же иконы последователей Андрея Рублева, а, возможно, и его собственные произведения. К числу сохранивишся до наших дней икон XV века относятся: икона Христа в иконостасе церкви Воскресенья на Дебре, которая близка по композиции прославленной иконе Спаса из Звенигорода работы Андрея Рублева (хранящейся в Третьяковской галерее); икона с поясным изображением Василия Великого, вывезенная из Пятницкой церкви Галича.

    В первой половине XVI века написана одна из лучших икон собрания Костромского музея - "Сергий Радонежский в житии". Автором ее, очевидно, был иконописец Троице-Сергиева монастыря или же мастер, хорошо знакомый с творчеством художников, работавших в мастерских знаменитой подмосковской обители. В восемнадцати клеймах иконы Сергия изображены сцены из жизни святого, "чудесные исцеления" у его гроба. Интересны клейма, иллюстирующие реальные события, происходившие при жизни Сергия: приезд в Троицкий монастырь Дмитрия Донского перед Куликовской битвой и втречу послов константинопольского патриарха. Обычно эти клейма отсутствуют в большинстве житейских икон Сергия и включение их в состав костроской иконы можно объяснить пожеланиями заказчика или инициативой иконописца.

    Икона Сергия написана художником, продолжавшим традиции замечательного русского иконописца Дионисия, чье творчество было вершиной искусства Москвы рубежа XV-XVI столетий и имело большое влияние на иконопись среднерусских и северных городов.

    Отголоски традиций искусства начала XVI века сказываются и вдругой иконе Костромского музея - "Никола Великорецкий в восьми клеймах жития". Это небольшая икона была создана во времена царствования Ивана Грозного. Культ Николы Великорецкого возник в XVI веке. первоначально Никола Великорецкий изображался по типу Николы Зарайского, но без житийных  клейм. В 1552 году, по приказу Ивана IV, "чудотворную" икону Николы Великорецкого привезли из Вятки в Москву, где с нее было сделано много копий. Созданная московскими иконниками новая редакция древней иконы стала популярной, с нее появилось много списков, которые разошлись по всем городам России. Одним из таких списков и является икона в собрании Костромского музея. В музей икона поступила из ризницы Троицкого собора Ипатьевского монастыря, а туда она была вложена в память о царевиче Иоанне Иоанновиче, возможно, самим Иваном Грозным. Вторая икона Николы Великорецкого находится в церкви Воскресения на Дебре. Она повторяет композицию, возникшую в Москве и тоже, очевидно, принадлежит к XVI веку.

    К эпохе Грозного относится и громадная икона "Иоанн Богослов в клеймах Апокалипсиса". Она была написана в 1559 году и хранилась в Богоявленском монастыре, а потом в костромском Успенском соборе. В клеймах этой иконы изображены мрачные картины "конца света", якобы, виденные и описанные евангелистом Иоанном Богословом. По предсказанию христианских теологов, в 7000 году со дня сотворения мира должен был наступить конуц света. Роковая дата - 1492 год - приближалась, и тема Апокалипсиса приобрела в конце XV века особое значение. "Конца света" в 1492 году, однако, не случилось, но страшные предсказания Иоанна Богослова продолжали волновать умы и в XVI веке. Этому содействовала сложная внутриполитическая обстановка в России во времена правления Грозного. Икона Костромкого музея написана в годы, когда наступил окончательный разлад между Иваном IV и "старшими боярами", в годы, предшествовавшие утверждению опричнины и началу репрессий против бояр.

    К грозненской эпохе относятся и несколько небольших, так называемых "молельных" икон, переданных в Костромской музей из ризницы Ипатьевского монастыря. Среди них заслуживают внимания не яркие по краскам, но чрезвычайно интересные по сюжетам иконы "Не рыдай меня мати" и "Александр Невский". На первой из них изображено оплакивание Христа его матерью - Марией. Впервые композиция "Не рыдай меня мати" в России появилась в известной иконе Благовещенского собора Московского Кремля, вызвавшей в 1554 году дело дьяка Висковатого, восставшего против введения в русскую иконопись "латинских ересей", то есть западных новшеств. В XVI веке русские иконописцы стали использовать для композиций икон гравюры западных мастеров и возможно, что икона Костромского музея была написана по одной из таких гравюр.

    В колорите икон "Не рыдай меня мати" и "Александр Невский" уже не чувствуется влияния светлой и нежной палитры Дионисия, его изысканного и лаконичного рисунка. Краски этих икон темные, глухие, рисунок жесткий, дробный.

    Судя по описям имущества Троицкого собора Ипатьевского монастыря, Годуновы подарили собору более 90 икон разных размеров; многие из пожертвованных произведений были украшены золотыми и серебрянными окладами с драгоценными камнями. Видимо, на средства Годуновых были написаны иконы первого (не сохранившегося) иконостаса собора. Большинство их погибло при взрыве здания в январе 1649 года. Но некоторые из икон, в частности установленные в нижнем, "местном" ряду иконостаса, а также на столбах и стенах храма, были спасены и сохранились до наших дней. В их числе - уже упоминавшаяся выше икона первой половины XVI века "Сергий Радонежский", иконы "Троица", "Успение Богоматери" и "Дмитрий Солунский", хранящиеся ныне в Государственной Третьяковской галерее и Государственном Историческом музее.

    Как мы знаем, Годуновы дарили много произведений работы своих живописцев в церкви Костромы и храмы ее посадов. В 1592 году мастера Годуновых писали образа для иконостасов Богоявленской церкви села Красное. Образа главного иконостаса этой церкви были очень больших размеров и, видимо, по величине не уступали тем, которые входили в состав древнего иконостаса Троицкого собора Ипатьевского монастыря. Из иконостаса Богоявленской церкви сохранилась лишь одна икона - "Архангел Михаил" деисусного ряда. Она была найдена несколько лет назад. Изображение архангела Михаила отличается торжественной величавостью, монументальностю. Фигура Михаила в ярком киноварном плаще и темные коричневые крылья, прорисованные щирокими линями крупного ассиста, эффектно выделяются на золоченом фоне. Судя по золотому фону, образ иконостаса Богоявленской церкви не были первоначально закрыты металлическими окладами. Их украшали лишь басменые венцы нимбов с подвесными цатами.