Монастырь расположен близ города Костромы, на старой ярославской дороге, проходившей ранее по левому берегу реки Волги. По-видимому, создание Ипатьевского монастыря падает на период возвышения Костромы как удельного княжества в третьей четверти XIII века. В XIV - начале XV века Кострома приобретает значение одного из опорных пунктов княжеской власти. Первое упоминание монастыря в летописях отностится к описанию междоусобной борьбы за великокняжеский престол, которую подняли во второй четверти XV века галицко-звенигородские князья.

    Приход Годуновых к власти сопровождается щедрыми пожертвованиями Ипатьевскому монастырю. Записи отмечают, что только за пять лет, с 1586 по 1591 год, Д.И.Годунов дал Ипатьевскому монастырю около 1000 рублей деньгами "на каменное дело" и несколько сел с деревнями. В результате пожертвований Годуновых и других лиц земельные владения монастыря к концу столетия возрасли вчетверо. По количеству земляных владений монастырь занимал четвертое место в ряду крупнейших русских монастырей. В 1595 году Борис Годунов дал Ипатьевскому монастырю двор в Москве, в Китай-городе, а в 1603 году - два дома в Костроме. Ипатьевский монастырь стал называться "преименитой лаврой". На средства Годуновых с 50-х годов XVI столетия и до 1605 года проведено полное переустройство монастыря.

    В годы польско-шведской интервенции в начале XVII века Ипатьевский монастырь стал свидетелем одного из ярких эпизодов борьбы русского народа за независимость.

    Осенью 1608 года не только западные районы, но и большая часть северных областей Русского государсвта были захвачены польскими интервентами. Однако уже в ноябре выступили посадские люди Галича, к ним присоединилсь вологжане, белозерцы, костромичи. В мае поляки и их сторонники с воеводой Вельяминовым были изгнаны из города, но завладели Ипатьевского монастыря.

    Вельяминов, запрашивая помощи у гетмана Сапеги. писал : "Марта в 12 день пришли воры государевы изменники, вологотцкие и поморские мужики, пять тысячь, от Костромы за две версты, а ждут к себе из Галича Ивашка Кологривца, а с ним де идет воровксих людей пять же тысячь, и ждут его к себе марта в день 13 на вечер, а кним придет, и им приступили к Ипатцкому монастырю". Польскому отряду не удалось рассеять ополчение, однако и ополченцам не удалось изгнать захватчиков : слабовооруженному войску ополченцев монастырь мог противопоставить вооружение из 37 пушек, большие запасы пороха. Продовольствия так же имелось достаточно.

    Первого мая в Кострому прибыл опытный воевода Давид Жеребцов. По его приказу вокруг монастыря выкопали глубокий ров, укрепленный булыжным камнем, за рвом засели ополченцы. Они бились с осажденными "день и ночь". Монастырь был отрезан от общения с внешним миром. Попытки Вельяминова прорваться не увенчались успехом. Но чтобы взять крепость, нужно было подорвать стены. Выполнить эту задачу взялись костромкие служивые люди Константин Мезенцев и Николай Косыгин. В ночь с 24 на 25 сентября 1609 года они подвели подкоп под монастырскую стену, заложили туда бочку с порохом. Произошел взрыв. Оба патриота погибли, но ценою их жизни крепость была взята и засевшие в ней поляки и их сторонники уничтожены. Остатки польского отряда нашли смерть на дне Святого озера (ныне Некрасовское), явившегося, по преданию, три с половиною столетия ранее могилой татаро-монгольским завоевателям.

    Освобождение Ипатьевского монастыря развязало руки костромскому народному ополчению, которое двинулось вперед и участвовало в сражениях под Ростовом, Троицко-Сергиевой лаврой и под Москвой.

    Все последующие годы не прекращались распри между посадскими людми и монастырским духовенством : жители города долгое время не могли забыть о предательстве монастырских властей во время осады.

    В Ипатьевском монастыре при Борисе Годунове жили в ссылке Романовы, а в годы Смутного времени они получили монастырь в вотчинное владение как вознаграждение за их опалу при Годуновых. Когда в вотчине Романовых произошла кровавая расправа польского отряда с иваном Сусаниным, Михаил с матерью были вынуждены бежать из села Домнина (теперь Сусанинского района) и укрыться в Ипатьевском монастыре. У Романовых был свое осадный укрепленный двор в Костроме, близ Успенского собора, но они избрали монастырь как более надежное убежище.

    На земском соборе в феврале 1613 года Михаила Романова избрали царем, и в монастырь явилось посольство из духовентсва и бояр. Здесь, в Троицком соборе, был совершен чин избрания Михаила Федоровича на царство. Это событие обеспечило монастырю могущественное покровительство царской фамилии Романовых.

    По указу царя в Ипатьевский монастырь был перенесен прах Ивана Сусанина.

    Cтроительные работы первой половины и середины XVII века направлены прежде всего на укрепление монастыря как крепости и на расширение его территории. К концу столетия оборонное значение монастыря утрачивается.

    В XVII и XVIII столетиях, до образования в 1744 году Костромской епархии, Ипатьевский монастырь был крупным административным центром, монастырские власти заведовали всеми монастырями, соборными и приходскими церквями костромкой патриаршей провинции, в которую входили Нерехта, Плес, Судиславль, Макарьев-на-Унже, Чухома, Солигалич, Буй и Любим. Ему принадлежало и управление монастырями других уездов, таких, например, как Переславкий Горицкий и Кирилло-Белозерский. По описи 1701 года в монастыре было около восьмитесяти пяти человек монашествующего чина и более ста человек слуг и работных людей разных специальностей.

    На протяжении всей своей истории монастырь являлся одним из крупнейших и влиятельнейших монастырей на Руси. Однако, к XVIII веку церковь теряет влияние на жизнь государства, и монастырь утратил свои позиции. До наступления XX века в истории монатыря никаких заментных событий не происходило.

        После революции, в 1919 году, монастырь закрыли и его материальные ценности национализировали. В 1958 году в Ипатьевском монастыре создан Костромской историко-архитектурный музей-заповедник. На реставрацию выделены значительные средства. Работы, произведенные костромской реставрационной мастерской, позволили освободить древние постройки от позднейших искажений, вернуть им первоначальный вид.

    Музей-заповедник включал организованный на территории монастыря и в прилегающей местности Музей народной архитектуры и быта.